Sekitar 1962 bertempat di desa Long Payau, Kecamatan Long Nawang, masyarakat desa Long Payau Mengalami Krisis Minyak Tanah dan Krisis Garam, pada masa itu masyrakat tidak dapat memperoleh kedua bahan pokok Tersebut kecuali dengan berangkat berusaha ke Kota dalam hal ini kota terdekat adalah daerah Malaysia. Pada tahun 1962 terjadi pristiwa Konfrontasi Indonesia-Malaysia, yang jelas mayarakat desa Long Payau Tidak Dapat pergi berbelanja kebutuhan pokok merka,karena perbatasan pada saat itu di jaga ketat.

Untuk mendapatkan Keperluhan bahan pokok desa Long payau, di tugaskan lah sekitar 13 orang pemuda berangkat ke daerah Indonesia dan yang di tuju adalah Mahakam, Long Iram sampai Long Bagun dan diyakini di daerah itu lah mereka dapat berbelanja dengan aman. Setelah menempuh jalan kaki selama kurang lebih 2 Bulan, sampailah mereka ketujuan. Kemudian mereka pulang dengan membawa Garam , Minyak Tanah dan beberpa gulung kain. Dan rute yang mereka lalui pulang melintasi di sungai Mahakam, Sungai Boh dan Sungai Benaan kemudian sampai ke Sungai Mahak, ketika mereka sampai di dataran mahak mereka mencoba mencari emas dan berburu ternya hasil yang ada di dataran mahak baru sangat melimpah. Sehingga mereka merancanakan berpindah dari Long Payau Ke Dataran Mahak, yang sekarang menjadi Lokasi Desa Mahak Baru .

Setelah mereka tiba di Desa asal mereka (Long Payau), mereka menceritakan apa yang telah mereka lihat dan rasakan ( Dataran Mahak yang telah di temukan), kemudian dibuatlah kespakan dan rencana berpindah ke lokasi yang baru di temukan.

Tahun berikutnya di rencanakanlah perpindahan dan pada tahun 1963 berangkatlah sekitar 30 orang Laki-laki yang bertujuan membuat jalan setapak dan Kubuq menuju mahak dan setelah tiba di mahak mereka mebangun rumah/Kelekep dan membuka lahan Ladang/Uma Umum luas nya sekitar 6 ha. Setelah menanam padi, jagung, dan singkong mereka kembali ke Long Payau.

Mendekati musim panen  tahun itu rombongan pertama berangkat dari Long Payau ke Mahak Baru. Tahun 1965-1966 Kepindahan warga mereka sendiri di bagi 3 tahap/3 kelompok, kelompok 1 terdiri dari warga yang usia produktif kelompok 2 ibu-ibu dan anak anak kelompok 3 terdiri dari orang tua / usia tidak produktif lagi.

Desa Mahak Baru merupakan salah satu desa dari 6 (enam)  Desa yang ada di Kecamatan Sungai Boh Kabupaten Malinau , merupakan desa yang berbatasan langsung dengan Kabupaten Mahakam Hulu dengan luas 1217,31 Ha.

Desa Mahak Baru merupakan salah satu desa pemekaran dari Desa Long Payau Kecamatan Kayan Hulu. Berdiri pada tahun 1966 .

Nama Mahak Baru diambil dari bahasa Dayak yang berasal dari kata MAHAK yang berarti KEADAN TANAH YANG SUBUR yang melambangkan adat kesatuan dan persatuan masyarakat pada jaman terdahulu. Konon ceritanya keadaan tanah di Mahak Baru sangat subur .

Dalam sejarah terbentuknya Desa Mahak Baru dapat dilihat dari segi namanya, sehingga Desa Mahak Baru ini diberi nama dengan nama Desa Mahak Baru. Secara Etimologi Mahak Baru dapat dibagi menjadi dua kata yaitu MAHAK dan BARU. Mahak baru yang diartikan baru menempati tanah yang subur untuk kemakmuran masyarakat. Maksudnya ketika masyarakat bekerja mereka selalu cepat, tepat, dan cermat sehingga tidak membuang-buang waktu yang tidak jelas, begitu juga dalam hal permainannya yang dilakukan oleh anak-anak selalu bertindak cepat, tepat dan cermat supaya tidak kalah dalam permainan gelang tersebut.